光雲寺の開山であり、南禅寺の開山でもある大明国師（無関普門禅師）は信州保科のお生まれで、７歳で越後正円寺の寂円につき、１３歳で剃髪して本格的に出家され、１９歳で上野（こうずけ）（群馬）長楽寺の釈円房栄朝に菩薩戒を受け顕密二教を習われました。この釈円房栄朝は、わが国に最初に禅宗を伝えられた建仁寺開山・明庵栄西禅師の法を嗣がれた名僧です。さらにご開山は東福寺開山の聖一国師（円爾弁円禅師）に参じて遂に嗣法されました。

そして建長３年（１２５１）に４０歳にして中国の宋の国に渡られ、浄慈寺（じんずじ）の断橋妙倫禅師に参じて大悟を認められました。十二年間の修行遍歴の後に帰国したご開山は、聖一国師に東福寺の第二世となるように懇願されましたが、生え抜きの別の法嗣をかつぐ一派が党派的な運動をしましたので、名利の念など眼中にないご開山は、摂津の国・四天王寺付近に赴き、光雲寺を開創されたのです。

その後、東福寺第３代住持に迎えられた禅師は、亀山法皇の離宮に出没する妖怪を鎮めて法皇の帰依を受けられ正応４年（１２９１）に南禅寺の開山となられたのですが、その年の１２月１２日に八十歳で東福寺龍吟庵で遷化されました。龍吟庵には亀山法皇が夜陰に乗じて禅師の看護に通われた部屋が室町時代に復元されて現在にまで伝えられております。

若狹の高浜に生まれられた英中玄賢禅師は、幼くして南禅寺塔頭・天授庵住持・霊叟について出家し、のちに南禅寺第２８０世に迎えられました。

後水尾天皇の皇后である東福門院様がご自分の菩提寺を建立されたい旨を相談された側近の野々山丹後守兼綱が英中禅師に相談したところ、禅師は、南禅寺開山大明国師が開かれた光雲寺が摂津国（大坂）四天王寺付近にあり、安国寺とも称される名刹であるが、応仁の乱以降荒廃しているので、これを現在の南禅寺北ノ坊の地に移して菩提寺として再興されたらどうかという旨を東福門院様に進言されました。東福門院様は快諾され、再建は寛文４年（１６６４）７月から２年がかりで行われました。

なお、英中禅師の実母は徳川４代将軍家綱公の乳母で川崎の局（つぼね）というお方でした。光雲寺にはこの川崎の局が家綱公の「万安を祈り奉らんがために」光雲寺に奉納された家綱公自筆の普賢菩薩像が伝えられております。

東福門院は徳川２代将軍秀忠公とお江与の方（浅田長政とお市の方の三女）との間に生まれたご息女（五女）で徳川和子（まさこ）というお名前ですが、祖父である大御所の家康公の宿願により１４歳で一回り年上の後水尾天皇に入内（じゅだい）されのちに中宮となられました。

そして女三宮の昭子内親王が延宝３年（１６７５）に先立たれると、東福門院はその葬儀を光雲寺で執り行うように手配され、墓所を光雲寺境内に定められたのです。光雲寺には御所から光雲寺へのご行列の次第が記されたその当時の貴重な記録が残っております。

また女三宮の御殿のひとつが住持である英中禅師の住まいとして移され、その戒名と同じく「妙荘厳院」という名が特別に許可されました。

東福門院はその身分の高さから、自由な外出が叶わず、菩提寺の光雲寺にも臨行することはできなかったようですが、側近の家臣や女房たちを通じて、色々な寺宝を奉納したり、祈願や法要などを依頼されたりし、また英中禅師が出世したときや江戸徳川将軍家に赴く際などには祝儀を届けさせられるなど、絶えず濃やかな心配りをされたのです。